1. Bakterier: Encelliga prokaryoter (saknar kärna) med olika former, storlekar och metaboliska kapaciteter. De finns i alla miljöer och spelar avgörande roller i ekosystem och människors hälsa.

2. archaea: Encelliga prokaryoter som skiljer sig från bakterier, ofta finns i extrema miljöer som varma källor och salt sjöar. De är också viktiga i olika ekosystem och har potentiella tillämpningar inom bioteknik.

3. svamp: Eukaryota organismer (med en kärna) som inkluderar jäst, formar och svamp. De är viktiga sönderdelare och spelar en roll i livsmedelsproduktion och medicin.

4. Protozoa: Encelliga eukaryota organismer med ett brett utbud av former och livscykler. De är olika i sina livsmiljöer och är involverade i livsmedelskedjor och överföring av sjukdomar.

5. virus: Icke-levande enheter som består av genetiskt material (DNA eller RNA) inneslutet i en proteinbeläggning. De kräver en värdcell för att replikera och kan orsaka olika sjukdomar.

Det är viktigt att notera att även om det är de fem huvudgrupperna, finns det andra mikroorganismer som alger (Eukaryota organismer som utför fotosyntes), Prions (Misfoldade proteiner som kan orsaka sjukdom) och viroider (Små infektiösa RNA -molekyler). Dessa ingår emellertid ofta inte i "fem grundgrupper" eftersom de är mindre olika eller har mer specialiserade roller jämfört med de fem som nämns ovan.