Molekylernas struktur är mycket viktig eftersom detta ger information om hur molekylen kommer att interagera med andra föreningar. Formen dikterar föreningens fryspunkt, kokpunkt, volatilitet, materialtillstånd, ytspänning, viskositet och mer. Det är mycket lättare att förstå en föreningens struktur genom att se den i en 3D-modell. Olika bindningar har olika vinklar och de olika elementen i föreningen representeras av olika färger. Ju fler element och bindningar i en förening är mer avancerade och komplicerade geometriska strukturer.

Rita strukturen hos den valda molekylen med hjälp av Lewis-punktstrukturen. Lewis-punktstrukturen visar huvudelementen, antalet valenselektroner och vilka föreningar som är bundna till den centrala föreningen.

Bestäm vinklarna som behövs kring varje huvudförening. En förening som har fyra bindningar kommer att ha bindningarna 109,5 grader från varandra i ett tetraedralt arrangemang. Tre bindningar i ett trigonalt plan arrangemang är åtskilda med 120 grader. Två bindningar från huvudföreningen är i linjär ordning och separeras med 180 grader.

Låt Styrofoam bollarna passa på lämpliga färger. Styrofoam kulorna för kol kommer att vara av samma färg, syrgas Styrofoam bollar kommer att vara en annan färg och vätebollar en extra färg. Ju mer olika element i föreningen desto fler färger behövdes.

Anslut bollarna med Popsicle-pinnar eller rörrengöringsmedel. Använd bindningsvinklarna för föreningen för att få strukturen korrekt. Enkeltbindningar kräver en rörrengörare, dubbelbindningar två rörstädare och trebindningar tre rörrengöringsmedel. För starka anslutningar placera lite lim på ändarna av rörrensarna innan de sätts in i Styrofoam-kulorna.