Alla enzymer har ett visst pH-område där de fungerar bäst. Ett enzym är ett protein som består av molekyler som kallas aminosyror, och dessa aminosyror har regioner som är känsliga för pH. PH-skalan definierar hur sur eller basisk en lösning är, med lågt pH är surt och högt pH är basiskt. Den mänskliga magen har ett pH-värde på 2, och enzymer som fungerar i magen är anpassade för att fungera på den pH-nivån.
Mage Har lågt pH -

När vi äter mat och dryck, kommer bakterier med dem . Våra kroppar kan skydda sig mot infektion genom att döda bakterier i magen. Vid ett pH av 2 är magsafterna i magen sura nog för att döda de bakterier vi äter. Cellerna som leder magen - kallade parietalceller - utsöndrar saltsyra eller HCl, och denna syra ger magsafter deras låga pH. HCl smälter inte mat, men dödar bakterier, hjälper till att bryta ned bindvävnaden i kött och aktiverar pepsin, magens matsmältningsenzym. producera ett pro-enzym som kallas pepsinogen. När pepsinogen kommer i kontakt med den sura miljön i magen, katalyserar det en reaktion för att aktivera sig själv och blir det aktiva enzymet som kallas pepsin. Pepsin är ett proteas eller ett enzym som bryter kemiska bindningar i protein. Pepsin använder karboxylsyragruppen på en av sina aminosyror för att bryta den kemiska bindningen mellan kväve och syre i de proteiner som finns i livsmedel.
Pepsinfunktioner vid pH 2

Anledningen till att pepsin fungerar bäst vid pH 2 beror på att karboxylsyragruppen på aminosyran i enzymets aktiva plats måste vara i dess protonerade tillstånd, vilket betyder bundet till en väteatom. Vid lågt pH protoneras karboxylsyragruppen, vilket tillåter den att katalysera den kemiska reaktionen av brytande kemiska bindningar. Vid pH-värden högre än 2 blir karboxylsyran avprotonerad och kan därför inte delta i kemiska reaktioner. Pepsin är mest aktivt vid pH 2, varvid dess aktivitet minskar vid högre pH och faller helt av vid pH 6,5 eller högre. I allmänhet är enzymaktiviteten känslig för pH eftersom den katalytiska gruppen av ett enzym - i pepsins fall karboxylsyragruppen - antingen kommer att protoneras eller avprotoneras, och detta tillstånd avgör om den kan delta i en kemisk reaktion eller inte.
Pepsin inaktivt vid högre pH

Efter matsmältningen i magen, mat kommer ut genom den pyloriska sfinktern in i tolvfingertarmen i tunntarmen, där pH är mycket högre. Pepsin blir inaktivt i denna miljö eftersom koncentrationen av väteatomer är lägre. Vätet på pepsins karboxylsyra på det enzymaktiva stället avlägsnas sedan, och enzymet blir inaktivt. Den kemiska reaktionen katalyserad av pepsin beror på närvaron av en protonerad karboxylsyra, så enzymets aktivitet är starkt beroende av pH i lösningen den är i. Lågt pH leder till hög aktivitet och högt pH ger liten eller ingen aktivitet.