Dessutom kan många grundämnen existera i olika former som kallas allotroper. Till exempel kan kol existera som grafit, diamant och fulleren. Dessa allotroper har olika fysikaliska och kemiska egenskaper, vilket kan leda till ännu mer mångfald i de ämnen som kan bildas.
Slutligen kan interaktionerna mellan molekyler och atomer också leda till bildning av nya ämnen. Till exempel, när vattenmolekyler interagerar med koldioxid, kan de bilda kolsyra. Denna reaktion är ansvarig för bubblorna i kolsyrade drycker.