Isomerisering av rakkedjiga alkaner sänker inte nödvändigtvis deras koktemperatur. Faktum är att det ofta har motsatt effekt, vilket ökar kokpunkten.

Vissa isomerer, inklusive grenade alkaner, kan dock ha lägre kokpunkter jämfört med sina rakkedjiga motsvarigheter på grund av skillnader i molekylstruktur och intermolekylära krafter. Grenade alkaner har en mer kompakt form och svagare intermolekylära krafter, vilket leder till lägre kokpunkter än rakkedjiga alkaner med jämförbar molekylvikt.