Massan av en molekyl uttrycks i atommassaenheter (amu) eller Dalton (Da), som är ungefär lika stora. En amu definieras som 1/12 av massan av en kol-12-atom.

En vattenmolekyl består av två väteatomer och en syreatom. Atommassan av väte är cirka 1 amu och atommassan av syre är cirka 16 amu.

Därför är massan av en vattenmolekyl ungefär 18 amu.

I vetenskaplig notation är massan av en vattenmolekyl ungefär 2,99 x 10^-23 gram.