Alkaliska förhållanden (typiskt runt pH 8,0 till 9,5) föredras vid elektrofores för att separera DNA-fragment eftersom de förbättrar upplösningen och separationen av DNA-molekyler. Vid alkaliskt pH blir DNA-ryggraden mer negativt laddad på grund av deprotoneringen av fosfatgrupperna. Denna ökade negativa laddning förbättrar den elektroforetiska rörligheten hos DNA-molekyler, vilket möjliggör bättre separation baserat på storlek.

2. Enkelsträngat DNA:

Alkaliska betingelser främjar denatureringen av dubbelsträngat DNA till enkelsträngat DNA. Enkelsträngade DNA-molekyler har en mer enhetlig form och storlek jämfört med dubbelsträngat DNA, vilket underlättar deras separation under elektrofores.

3. Gelstabilitet:

Alkaliska buffertar bidrar till stabiliteten hos agarosgeler som används vid elektrofores. Agarosgeler tenderar att smälta vid högre temperaturer, och alkaliska förhållanden hjälper till att bibehålla sin integritet under elektroforeskörningar, vilket förhindrar geldeformation.

4. Etidiumbromidbindning:

Etidiumbromid är ett vanligt använt fluorescerande färgämne för att visualisera DNA i elektroforesgeler. Under alkaliska förhållanden binder etidiumbromid mer effektivt till enkelsträngat DNA, vilket ökar fluorescensintensiteten och gör DNA-band mer synliga.

5. Förebyggande av DNA-fragmentering:

Alkaliska förhållanden minimerar aktiviteten av DNaser, som är enzymer som kan bryta ner DNA. Det höga pH-värdet hämmar aktiviteten hos dessa enzymer och bevarar integriteten hos DNA-fragment under elektrofores.

Sammantaget ger alkaliska förhållanden vid elektrofores bättre upplösning, förbättrad DNA-separation, gelstabilitet, förbättrad etidiumbromidbindning och skydd mot DNA-nedbrytning, vilket gör dem till det föredragna valet för DNA-analys och separationstekniker.