Molekylen PO4 3− har fyra syreatomer som omger en central fosforatom, med en negativ laddning på 3. Syrets elektronegativitet är 3,44, medan fosfors är 2,19. Denna skillnad i elektronegativitet gör att elektronerna delas ojämnt, vilket resulterar i polära bindningar mellan fosfor- och syreatomerna. Molekylens geometri är tetraedrisk, med de fyra syreatomerna anordnade i hörnen av en tetraeder. Fosforatomen är belägen i mitten av tetraedern. De polära bindningarna mellan fosfor- och syreatomerna skapar en negativ nettoladdning på molekylen, vilket gör den polär.