Celllys:SDS, en anjonisk detergent, stör fosfolipiddubbelskiktet i cellmembranen genom att interagera med fosfolipidernas hydrofoba svansar. Denna interaktion leder till att membranet sönderfaller, vilket gör att cellen bryts upp och släpper dess innehåll.
Solubilisering av cellkomponenter:Efter cellys hjälper SDS till att solubilisera och bibehålla lösligheten av olika cellkomponenter, inklusive proteiner och lipider, genom att denaturera dem och förhindra att de aggregeras. Detta säkerställer att DNA förblir tillgängligt och underlättar efterföljande steg i isoleringsprocessen.
Proteindenaturering:SDS har förmågan att denaturera proteiner, vilket är avgörande för DNA-isolering. Proteiner binder hårt till DNA och kan hindra dess extraktion. Genom att denaturera proteinerna stör SDS dessa protein-DNA-interaktioner, vilket möjliggör effektiv separation av DNA från andra cellulära komponenter.
DNA-tillgänglighet:Denatureringen av proteiner exponerar också DNA-molekylerna, vilket gör dem mer tillgängliga för enzymer och reagenser som används i efterföljande steg i DNA-isoleringsprotokollet.
SDS-proteinkomplex:SDS bildar miceller, som är sfäriska strukturer med ett hydrofobt inre och ett hydrofilt yttre. Denaturerade proteiner binder till de hydrofoba områdena av SDS-miceller och bildar komplex som håller dem i lösning och förhindrar deras störning med DNA-rening.
Nukleinsyrautfällning:I vissa DNA-isoleringsmetoder, såsom CTAB-metoden (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide), kan SDS användas för att förbättra utfällningen av nukleinsyror. Det bildar komplex med CTAB, som i sin tur binder till den negativt laddade DNA-ryggraden, vilket främjar bildningen av täta nukleinsyradetergentutfällningar som lätt kan pelleteras genom centrifugering.
Det är viktigt att notera att SDS kan hämma aktiviteten hos vissa enzymer, såsom restriktionsenzymer, så dess koncentration och varaktigheten av exponering för DNA måste kontrolleras noggrant under DNA-isoleringsproceduren för att förhindra DNA-nedbrytning.
