En korrekt kritik mot det strukturella funktionella tillvägagångssättet är att det tenderar att överbetona harmonin och stabiliteten i samhället och tona ner rollen som konflikt och förändring. Tillvägagångssättet förutsätter att samhället är ett välintegrerat system där varje del bidrar till helhetens övergripande funktion. Detta kan leda till att man försummar de sätt på vilka olika grupper och intressen inom samhället kan komma i konflikt med varandra och potentialen för social förändring och transformation.

Genom att fokusera på de funktionella bidragen från olika sociala institutioner och praktiker kan strukturell funktionalism förbise de sätt på vilka dessa strukturer också kan vidmakthålla ojämlikhet, förtryck och social orättvisa. Den kan misslyckas med att redogöra för erfarenheter och perspektiv hos marginaliserade grupper och individer som kanske inte drar nytta av eller är välbetjänade av den existerande samhällsordningen.

Dessutom kan tillvägagångssättet kritiseras för att vara alltför deterministiskt, vilket innebär att sociala strukturer och institutioner har ett fast och oföränderligt syfte. Detta kan förbise de sociala systemens dynamiska och utvecklande karaktär, såväl som individers och gruppers handlingskraft och kreativitet när det gäller att forma sina egna sociala verkligheter.