Kopparatomer omvandlas till positiva joner i en masspektrometer genom en process som kallas elektronjonisering. Vid elektronjonisering riktas en högenergielektronstråle mot kopparatomerna, vilket slår av en eller flera elektroner från atomerna och lämnar dem med en positiv nettoladdning.

Joniseringsprocessen kan representeras av följande ekvation:

Cu(g) + e- ---> Cu+(g) + 2e-

I denna ekvation representerar Cu(g) en neutral kopparatom, e- representerar elektronstrålen, Cu+(g) representerar en positivt laddad kopparjon och 2e- representerar de två elektroner som emitteras från kopparatomen vid jonisering.

Elektronjoniseringsprocessen utförs vanligtvis i en vakuumkammare för att förhindra att jonerna kolliderar med luftmolekyler och förlorar sin laddning. De positiva jonerna som produceras accelereras sedan av ett elektriskt fält och separeras enligt deras förhållande mellan massa och laddning i massanalysatorn.