Marlin var förkrossad över förlusten av sin son och gav sig ut på en resa för att hitta honom. Längs vägen träffade han en glömsk blå tång vid namn Dory, en pelikan som heter Gerald, en grupp havssköldpaddor och en vegetarisk haj som heter Bruce.
Tillsammans mötte Marlin och Dory många faror i deras sökande efter Nemo. De attackerades av barracuda, maneter och till och med en mås. Men de gav aldrig upp och till slut hittade de Nemo på tandläkarmottagningen.
Nemo var överlycklig över att se sin far, och de två återförenades. De återvände hem till korallrevet, där de levde lyckliga i alla sina dagar.
Nemos berättelse är en påminnelse om att även i de mörkaste tiderna finns det alltid hopp. Ge aldrig upp det du tror på, och ge aldrig upp de du älskar.