Innuitiska bergen ligger i det kanadensiska Arktis, en region som domineras av permafrost och glaciärer. Medan det finns många sjöar och floder inom bergskedjan, är de stora vattendragen I samband med Innuitiska bergen finns främst på omgivande kuster och öar :

* arktiskt hav: Detta är den största vattendraget som omger Innuitian -bergen och omfattar dess norra och västra gränser.

* Baffin Bay: En stor vik belägen öster om Innuitian -bergen och separerar Baffin Island från Grönland.

* Lancaster Sound: En sund som skiljer Baffin Island från Devon Island och utgör en del av den nordvästra passagen.

* Jones Sound: En sund som skiljer Devon Island från Ellesmere Island, också en del av den nordvästra passagen.

* Davis Strait: Ett sund mellan Grönland och Baffin Island, som förbinder Baffin Bay till Atlanten.

* Hudson Strait: En sund som förbinder Hudson Bay till Atlanten, som ligger söder om Innuitian -bergen.

Obs: Medan många sjöar och floder finns i Innuitiska bergen, är de i allmänhet mindre och inte betraktas som "stora vattendrag" som de som nämns ovan.