Mojave-öknen är hem för flera snabbt växande ökensamhällen och är tillgänglig för stora befolkningar som gränsar till öknen. Föroreningar från stads-, jordbruks- och gruvverksamhet påverkar Mojaves delikata ökenekosystem och påverkar också människors hälsa i fara. Dessutom använder ett stort antal människor Mojave för rekreation, vilket orsakar ytterligare nedbrytning.

Vattenförorening

Vatten är en knapp resurs i Mojave. Nästan allt vatten för bostads-, industri- och jordbruksanvändning kommer från grundvatten. Vattenkällor är redan överallokerade. Baserat på prognoser för befolkningstillväxt förutses det att efterfrågan överstiger utbudet under vår livstid. Vattenutlopp dränerar våtmarker och floder, som förstör livsmiljö för många arter av fisk och vilda djur, varav några är unika för Mojave. Något vatten returneras till vatten och ytvatten, men eftersom det här vattnet avtar från stads-, jordbruks- och gruvmark, är det ofta förorenat med kemikalier, metaller och näringsämnen.

Invasiva växter

Anrikning av kväve av jord, orsakad av torrfall av föroreningar från luften, tillsammans med markförstöring har vänt Mojave till ett fristad för invasiva växter. Förskjutning av naturliga växtarter av invasiva arter har många negativa effekter på Mojaves ekosystem. Invasiva växter kanske inte är lämpliga för inhemska vilda djur, som ofta är beroende av inhemsk vegetation för mat eller skydd. Dessutom, med ökande mångfald av införda växter kommer potentialen för invasion av introducerade djur. Några vanliga invasiva växtarter är saltcedar, brome gräs, perennial pepperweed och ryska tistel. Dessa arter växer över mycket större områden än inhemska växter, vilket ger extra bränsle för bränder som blivit vanligare och intensiva. Detta är ett stort problem för Mojaves ekosystem, som inte är vana vid frekvent bränning.

Luftföroreningar

Det finns två huvudkällor för luftföroreningar i Mojave. Den första är smog, som transporteras till öknen från grannande städer. Smog innehåller höga koncentrationer av kolmonoxid och kvävedioxid samt ozon, partiklar och metaller. Dessa luftföroreningar orsakar dålig synlighet, hälsoproblem och skador på växter och djur. Den andra källan är störningar i ökenjord som orsakas av aktiviteter som fritidsaktiviteter, jordbruk, byggande av infrastruktur, militära träningsövningar och gruvdrift. Dessa aktiviteter genererar damm, vilket kan aggregera i stora plumes. Detta har visat sig särskilt skadligt för öken vegetation. I en artikel som publicerades i augusti 1997 av "Journal of Applied Ecology" fann forskare att vindblåst damm reducerade fotosyntesen för tre inhemska Mojave-växtarter genom att förhindra gasutbyte och transpiration och orsaka minskad effektivitet av vattenanvändningen. >

Litterförorening
Mojaveöken är en kritisk livsmiljö för ökensköldpaddan, som nu listas som hotad av US Fish and Wildlife Service. Nedgången i ökensköldpaddan kan tillskrivas helt och hållet mänsklig inducerad förändring av livsmiljöer. En artikel som publicerades i januari 2007 av "Western North American Naturalist" rapporterar om effekterna av skräp på ökensköldpaddor i Mojave-öknen. Författarna noterar att dödsfall eller skador på sköldpaddor som fångats i kull, eller som konsumerar kull, är inte roman. Efter att ha bevittnat en sköldpadda som åt en ballong noterade de att 178 nya ballonger blåste in i deras Mojave-studieplats under en nio månadersperiod. Många andra typer av vilda djur påverkas också negativt av kasserad skräp.