Bakterier, som alla levande celler, kräver energi och näringsämnen att bygga proteiner och strukturella membran och driva biokemiska processer. Bakterier kräver källor till kol, kväve, fosfor, järn och ett stort antal andra mineraler. Kol, kväve och vatten används i högsta kvantiteter. Näringskraven för bakterier kan grupperas enligt kolkällan och energikällan.

Autotrofer

Autotrofer är bakterier som får sin näring från oorganiska föreningar. Koldioxid är typiskt den enda källan till cellulärt kol. Autotrofer kommer att använda vätesulfid, ammoniak eller vätgas för att reducera kol till nödvändiga sockerarter. Nitrifierande bakterier, som oxiderar ammoniak för att skapa nitrit och nitrater, är ett exempel på bakterier som använder autotrofisk näring.

Heterotrophs

Bakterier som kräver organiska kolkällor som sockerarter, fetter och aminosyror betecknas heterotrofer. Saprofytiska bakterier är ett exempel. De uppnår deras näring från död organiskt material. Med hjälp av enzymer kommer dessa bakterier att bryta egna komplexa föreningar och använda näringsämnena för att frigöra energi. Saprofytiska bakterier är i huvudsak nedbrytare och spelar en viktig roll i ekosystemet genom att släppa ut enklare produkter som växter och djur kan använda.

Fototrofer

Fototrofa bakterier absorberar ljusenergi och använder sedan detta i fotosyntes för att skapa cellulära energi. Det finns två typer av fototrofer; de som inte producerar syre som en biprodukt kallas anaeroba fototrofer, medan de som producerar syre kallas aeroba fototrofer. Både autotrofer och heterotrofer kan vara fototrofer. Cyanobakterier är ett exempel på bakterier som utövar fotoautotrofisk näring.

Chemotrophs

Dessa bakterier får kemisk energi från omgivningen och omvandlar den till adenosintrifosfat (ATP) för cellanvändning. Kemotrofer uppnår energi från oxidations-reduktionsreaktioner av oorganiska föreningar, såsom ammoniak, vätesulfid och järn. Svavelbakterier är till exempel en kemoautotroph som producerar energi genom att oxidera vätesulfid till svavel och vatten.

Litotrofer

Litrotrofer är bakterier som använder reducerade oorganiska föreningar som elektrondonator (H-donor) vid anaerob eller aerob andning.