Brist på experimentellt bevis: Teorin förlitade sig starkt på kvalitativa observationer och saknade kvantitativa experimentella bevis för att stödja sina påståenden. Det fanns många oförklarade inkonsekvenser och observationer som inte passade bra med teorin.
Förbränning och massökning: En av de grundläggande motsägelserna i flogistonteorin var att den föreslog att brännbara material frigjorde flogiston under förbränning, men ändå var förbränningsprodukterna ofta tyngre än de ursprungliga ämnena. Denna observation motsäger uppfattningen att flogiston hade negativ massa.
Phlogistons natur: Naturen hos flogiston förblev vag och dåligt definierad. Vissa förespråkare beskrev det som en materiell substans, medan andra ansåg att det var en princip eller enhet. Avsaknaden av en tydlig definition gjorde det svårt att genomföra rigorösa vetenskapliga experiment för att verifiera dess existens.
Inkonsekventa förklaringar: Flogistonteorin kämpade för att förklara vissa kemiska fenomen, såsom produktionen av olika gaser under förbränning och syrets roll i dessa reaktioner. När man lärde sig mer om luftens sammansättning och gasernas inblandning i kemiska reaktioner blev bristerna i flogistonteorin uppenbara.
Lavoisiers experiment: Experimenten utförda av Antoine Lavoisier och hans samtida spelade en avgörande roll för att motbevisa flogistonteorin. Lavoisiers noggranna mätningar och kvantitativa analys visade att massan bevaras under kemiska reaktioner, vilket motsäger idén om phlogistons frisättning och viktminskning.
Sammantaget ledde bristen på experimentella bevis, inkonsekvenser i att förklara förbränning och massaförändringar, en oklar definition av flogiston och motsägelserna som avslöjades av efterföljande upptäckter så småningom till flogistonteorins undergång och banade väg för utvecklingen av modern kemi.