Forskare från Iowa State University har byggt en tillgänglig onlinedatabas som sätter kritisk genomisk data i skarpt fokus med ett enda musklick.

I en artikel som publicerades idag i tidskriften Vetenskapliga rapporter , ett team av forskare från Iowa State University presenterade en ny databas som gör det möjligt för forskare att snabbt få tillgång till information om RNA-strukturer kodade i det mänskliga genomet. Databasen är fritt tillgänglig för alla på webben, där det gör det möjligt för forskare att studera funktionerna och strukturen hos RNA med större hastighet och lätthet än tidigare. Detta kommer att bidra till att underlätta grundläggande forskning om mänsklig biologi och kan bana väg för nya medicinska behandlingar som riktar sig mot RNA, sa Walter Moss, en biträdande professor vid Roy J. Carver Department of Biochemistry, Biofysik och molekylärbiologi.

RNA, förkortning för ribonukleinsyror, är molekylkedjor som transkriberas, eller kopierat, från genomet. RNA kan vara informationsbärare, fungerar som mellanprodukter mellan DNA och protein, eller som självständigt fungerande molekyler som förmedlar många kritiska regulatoriska processer. Till skillnad från DNA, RNA kan "vika tillbaka" på sig själv för att bilda strukturer som konkurrerar med proteiner i sin komplexitet. Denna veckning spelar nyckelroller i RNA-funktion, så att få strukturell information om RNA kan ge viktiga insikter i vår förståelse av hur organismer fungerar, sa Moss.

"RNA är grundläggande för att förstå biologi, och framsteg inom sekvenseringsteknologi har lett till en explosion i listan över potentiellt funktionella RNA, " han sa.

Till exempel, medan endast cirka 2 procent av de 3,5 miljarder basparen av mänskligt DNA kodar för proteiner, mer än 70 procent transkriberas till RNA. Att förstå funktionerna hos denna ocean av okända RNA utgör en viktig vetenskaplig utmaning, och den nya databasen ger viktiga verktyg för att kartlägga den, sa Moss.

Mossa, tillsammans med doktoranden Ryan Andrews och forsknings-IT-direktören Levi Baber, fragmenterade hela det mänskliga genomet till mer än 154 miljoner överlappande fönster och beräknade en rad mätvärden som är värdefulla för att förstå hur RNA veck.

"Vem som helst runt om i världen kan nu med ett klick hämta det som en gång tog timmar av beräkningar att fastställa, " sa Andrews.

RNA-terapi, ett nytt tillvägagångssätt inom medicin där RNA riktas mot läkemedel snarare än proteiner, visa stort löfte, och den strukturella databasen som beskrivs i publikationen tillhandahåller ett enormt lager av potentiella terapeutiska leads, sa Moss.