Med tillkomsten av nästa generations sekvenseringsteknologier har restriktionsplatsassocierad DNA-sekvensering (RAD-seq) blivit en vanlig metod för att snabbt erhålla enkelnukleotidpolymorfismer med hög densitet (SNP) i organismer på grund av dess oberoende från referensgenom. Men få studier har undersökt effekten av att använda närbesläktade arter som referensgenom kontra att använda själva arten som referensgenom.
I en studie publicerad i Plant Science , utvärderade forskare från Xishuangbanna Tropical Botanical Garden (XTBG) vid den kinesiska vetenskapsakademin fördelarna och begränsningarna med båda referensbaserade tillvägagångssätten, genom att använda en närbesläktad art som referensgenomet kontra att använda arten själv som referensgenom.
Med hjälp av bioinformatikmjukvaran STACKS undersökte forskarna effekten av att använda olika referensgenom på SNP-anrop. De använde RAD-seq-data från 242 individer av Engelhardia roxburghiana, ett tropiskt träd i valnötsfamiljen (Juglandaceae). De fokuserade på två olika referensgenom:att använda en närbesläktad art (dvs. Pterocarya stenoptera) som referensgenom och att använda arten själv (dvs. Engelhardia roxburghiana) som referensgenom.
De fann en signifikant skillnad i antalet SNP erhållna mellan att använda själva arten som referensgenom och att använda en närbesläktad art som referensgenom, där den förra producerade betydligt fler SNP än den senare.
"Detta resultat indikerar att valet av själva arten som referensgenom är den optimala lösningen för SNP-anrop", säger Li Jie från XTBG.
Forskarna föreslår att referensgenom från närbesläktade arter kan användas när själva arten inte är tillgänglig som referens. Det rekommenderas att undvika att använda arter med en avlägsen fylogenetisk relation.
"Vår studie bidrar till att berika förståelsen för effekten av SNP-förvärv när man använder olika referensgenom", säger Meng Honghu, motsvarande författare till studien.
Mer information: Pei-Han Huang et al, Olika referensgenom bestämmer olika resultat:Jämför SNP-anrop i RAD-seq av Engelhardia roxburghiana med hjälp av olika referensgenom, Plant Science (2024). DOI:10.1016/j.plantsci.2024.112109
Tillhandahålls av Chinese Academy of Sciences
