Forskare vid Karolinska Institutet har utvecklat en webbaserad plattform som erbjuder en oöverträffad syn på människokroppen på cellnivå. Syftet är att skapa en ovärderlig resurs för forskare världen över för att öka kunskapen om människors hälsa och sjukdomar. Studien publiceras i Genome Biology .
Samtidig mätning av många biomolekylära variabler, kända som multi-omics, möjliggör djupgående och omfattande profilering av mänsklig biologi. Den nya Single Cell Atlas (SCA) bygger på analyser av tusentals mänskliga vävnadsprover från 125 olika vuxna och fostervävnader. Forskarna kombinerade åtta banbrytande omics-tekniker, inklusive encellig RNA-sekvensering, helgenomsekvensering och rumslig transkriptomik för att kartlägga och lokalisera gener som uttrycks i vävnaden.
Plattformen ger unika insikter om individuella cellegenskaper och deras interaktioner i vävnader. Den omfattande insamlingen av data är fritt tillgänglig via plattformens webbplats.
"Enkelcellsatlasen sparar inte bara tid och resurser utan främjar också en samarbetsmiljö för forskare från olika områden, vilket banar väg för nya upptäckter och innovationer", säger Lu Pan, forskare vid Institutet för miljömedicin, Karolinska Institutet, och studiens första författare.
Framöver planerar teamet att förfina SCA genom att införa mer detaljerade analyser och årliga uppdateringar. Dessa förbättringar kommer att fylla luckor i vävnadsrepresentationen och utöka provstorleken, vilket möjliggör mer exakt forskning.
"Skapandet av SCA markerar ett betydande steg framåt inom biomedicinsk forskning", säger Xuexin Li, forskare vid institutionen för fysiologi och farmakologi (tidigare vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik), Karolinska Institutet. "Vårt mål är att ständigt berika atlasen, vilket gör den till en ovärderlig resurs för att förstå människors hälsa och sjukdomar."
Mer information: Lu Pan et al, Single Cell Atlas:a single-cell multi-omics human cell encyclopedia, Genome Biology (2024). DOI:10.1186/s13059-024-03246-2
Journalinformation: Genombiologi
Tillhandahålls av Karolinska Institutet
