Det finns många skillnader mellan prokaryota och eukaryota celler. Vissa av dessa skillnader är strukturella medan andra är processuella. Två av processerna som är väsentligt olika mellan prokaryoter och eukaryoter är genuttryck och regleringen av det. Båda typerna av celler transkriberar DNA till mRNA, som sedan översätts till polypeptider, men specificiteten för dessa processer skiljer sig åt.
Plats

Prokaryoter saknar kärnor och andra organeller, som är specialiserade, membranbundna fack, Eukaryoter har dem. I själva verket betyder ordet "eukaryot" "sann kärna." I eukaryoter finns cellens genom i kärnan. Transkription sker sålunda i kärnan, och mRNA-transkriptet exporteras därefter genom kärnporer (porer i kärnhöljet) till cytoplasma för translation. Prokaryot transkription och translation är däremot inte rumsligt eller temporärt segregerat.
Initiering av transkription

Promotorelement är korta sekvenser av DNA som binder till en cell transkriptionella initieringsfaktorer. Prokaryoter har tre promotorelement: en som är uppströms om genen som transkriberas, en som är 10 nukleotider nedströms om den och en som är 35 nukleotider nedströms. Eukaryoter har en mycket större uppsättning av promotorelement, den primära är TATA-rutan. Eukaryotiska transkriptionsinitieringsfaktorer sätter ihop ett initieringskomplex som dissocieras vid slutet av initieringen. Prokaryotiska transkriptionsinitieringsfaktorer samlar inte ett initieringskomplex.
Ribosomer

Ribosomer är översättningsställen som består av RNA och protein som binder till en cells mRNA och tRNA. Prokaryoter har 70S ribosomer medan eukaryoter har 80S ribosomer. "S" hänvisar till sedimentationskoefficienten, ett mått på partikelns storlek, massa och form. En 80S-ribosom består av en 40S-subenhet och en 60S-subenhet medan en 70S-ribosom består av en 30S-underenhet och en 50S-underenhet. eukaryoter skiljer sig åt i sin genreglering. Eukaryotisk reglering är mycket mer komplex och förlitar sig ofta på olika feedbackmekanismer, utvecklingsprocesser och miljöfaktorer. Däremot reglerar prokaryoter hela metaboliska vägar snarare än att reglera varje enzym separat. Bakteriella enzymer för en given väg ligger intill varandra på cellens DNA och transkriberas till ett mRNA. Detta mRNA kallas polycistronic mRNA. När en cell behöver mer eller mindre av en vägs enzymer, transkriperar den helt enkelt mer eller mindre av den vägens mRNA.