Börja processen med att identifiera okända bakterier genom att observera deras fysiska egenskaper, såsom cellvägg, form och kopplingar. Använd standardlaboratoriska procedurer, som cellfärgning, odling och DNA-sekvensering för att ytterligare begränsa din identifiering. Bakterier grupperas vanligtvis i arter beroende på deras fysiska och metaboliska egenskaper snarare än deras genetiska förhållanden till varandra.
Positiva eller negativa

Eubakterier är de så kallade sanna bakterierna. De skiljer sig från archaea eller archaebacteria, som bildar ett separat rike. Eubakterier är prokaryoter, vilket innebär att de saknar ett kärnmembran. De flesta har cellmembran och cellväggar. Bakterier med tjocka cellväggar kallas grampositiva eftersom de är mottagliga för att dö under ett test som kallas Gram-fläcken. Gram-fläcken är det första testet som användes i bakterieklassificering. Bakterier med tunna eller frånvarande celler väggar är gram-negativa eftersom de inte fångar Gram-färgämnet.
Forma upp Bakterier

Sfäriska bakterier kallas cocci, bakterier som bildar raka stavar kallas baciller och bakterier med en mellanliggande form kallas coccobacilli. Dessa kan alla vara gram-negativa eller gram-positiva. Stela, spiralformade bakterier är kända som spirilla och är bara gramnegativa. Flexibla, oberoende mobila, spiralformade bakterier kallas spirocheter och är gramneutrala. Slutligen kallas styva, kommaformade stavar vibrios och är gramnegativa. Några få kända och dåligt förstått bakterier har olika former, såsom den stjärnformade stella och yxformade labrys. Det finns också två mellanliggande bakteriegrupper. Rickettsia liknar virus, har olika former, är gramnegativa och kan bara överleva i andra celler. Mycoplasma, som liknar svampar, saknar cellväggar och inkluderar många artsspecifika, lunginflammande orsakade lungpatogener.
Kuber, kluster och andra kopplingar -

Cocci och baciller klassificeras vidare av länkarna de form efter celldelning. Diplokocker och diplobaciller sticker samman i par. Streptokocker och streptobaciller bildar kedjor. Tetradkokar stannar kvar i fyra bakterier. Sarcinae-cocci bildar åtta-bakterie-kuber och stafylokocker bildar kluster.
Identifiera bakterien.

Om du har en okänd bakterie och du vill identifiera den kommer du vanligtvis att utföra en gramfärg och sedan observera kolonin utseende och de enskilda funktionerna. Vid den tiden kan du säga att du till exempel har en gramnegativ, aerob streptobacilli. Du kan sedan jämföra ditt prov med olika kända bakterier genom att placera det på olika odlingsmedier som uppmuntrar tillväxten av vissa arter och hämmar andra, eller genom att testa provet för olika kända bakteriebiprodukter. Som en sista utväg kan DNA-sekvensering avgöra om du har en känd eller okänd bakteriesort eller -stam, förutsatt att du jämför det med en art eller stam vars genom redan har sekvenserats.