mRNA med komplexa strukturer, såsom de som innehåller omfattande sekundära strukturer eller modifierade nukleotider, kräver mer tid och ansträngning för ribosomen att avkoda och översätta. Denna ökade avkodningskomplexitet kan leda till förseningar i proteinsyntesen och en större sannolikhet för fel eller avstängning under translation.
Som ett resultat är mRNA med mer invecklade strukturer ofta mindre effektivt översatta och har kortare livslängder jämfört med mRNA med enklare strukturer. Det cellulära maskineriet känner igen och bryter ned dessa komplexa mRNA snabbare för att förhindra ackumulering av icke-funktionella eller felveckade proteiner.
Dessutom är mRNA med komplexa strukturer mer mottagliga för nedbrytning av cellulära nukleaser, som är enzymer som bryter ner RNA-molekyler. De invecklade sekundära strukturerna och modifieringarna som finns i dessa mRNA kan tillhandahålla tillgängliga platser för nukleaser att binda och initiera nedbrytning.
Dessutom kan närvaron av regulatoriska element i mRNA, såsom otranslaterade regioner (UTR) eller mikroRNA-bindningsställen, också påverka mRNA-stabiliteten. Dessa element kan modulera mRNA-interaktioner med RNA-bindande proteiner, miRNA och andra regulatoriska faktorer, och därigenom påverka mRNA-omsättningshastigheter.
Därför har mRNA med ritningar som är svårare att dechiffrera kortare livslängder på grund av ökad avkodningskomplexitet, känslighet för nedbrytning och påverkan av regulatoriska element, vilket säkerställer effektivt genuttryck och cellulär funktion.
