Proteiner existerar inte isolerat i celler, utan finns snarare i en mycket trång och dynamisk miljö. Att förstå hur denna miljö påverkar proteinstruktur och funktion är en grundläggande utmaning inom biofysik. Här använder vi omfattande simuleringar av atomistisk molekyldynamik och beräkningar av fri energi för att undersöka hur den naturligt trånga miljön i en cell påverkar strukturen, inre dynamiken och funktionen hos ett prototypiskt protein, RNase H. Våra simuleringar visar att den trånga miljön avsevärt komprimerar proteinstruktur, vilket leder till en mer ordnad och stel proteinkonformation. Denna komprimering manifesterar sig i ökade ryggrads- och sidokedjeordningsparametrar och minskade interna proteinfluktuationer. Dessutom förändrar den minskade dynamiken hos RNase H i den trånga miljön avsevärt dess konformationella landskap, vilket påverkar populationerna och skillnaderna i fri energi i olika funktionella delstater. Dessa fynd ger atomistiska insikter om påverkan av cellulär trängsel på proteinstruktur och dynamik, vilket understryker vikten av att beakta den cellulära miljön när man studerar proteinfunktion.