Kaffeodling kan dock också ha negativa effekter på fåglar. Till exempel kan användningen av bekämpningsmedel och herbicider döda fåglar eller minska deras mattillgång, och röjning av mark för kaffeplantager kan förstöra fåglarnas livsmiljö. Dessutom kan bearbetningen av kaffe producera avloppsvatten som kan förorena floder och vattendrag, vilket också kan skada fåglar.
Sammantaget är kaffeodlingens inverkan på fåglarna komplex och beror på ett antal faktorer, såsom de odlingsmetoder som används och gårdens specifika placering. Men om kaffebönder vidtar åtgärder för att minimera de negativa effekterna av deras jordbruksmetoder, kan kaffeodlingar vara fördelaktiga för fåglar.