Linjära kromosomer finns endast i vissa Actinomycetes. Streptomyces är en grampositiv bakterie med högt GC-innehåll. Den har en linjär kromosom som varierar från 6 till 10 Mb i storlek och flera cirkulära plasmider med en total storlek på 1-10 % av det kromosomala DNA:t. Streptomycetes uppvisar en komplex livscykel som involverar asexuella och sexuella tillväxtfaser och är kända för sin omfattande produktion av kemiskt olika bioaktiva sekundära metaboliter.

Det är nödvändigt att linjärisera kromosomen för att få individuella replikoner upplösta i pulsfältsgelen. Replikonerna separeras av CHEF på basis av storlek. Den körs vanligtvis under en lång tid, ofta 20-30 timmar, för att få bra upplösning.

Här är stegen för hur man viker en linjär kromosom av Streptomyces:

1. Förbered agarosgelen. Gör en 1% agarosgel i 0,5X TBE-buffert.

2. Ladda DNA-provet. Blanda DNA-provet med 6X laddningsbuffert och ladda det på agarosgelen.

3. Kör gelen. Kör gelén vid 14°C i 20-30 timmar vid 2 V/cm.

4. Visualisera DNA:t. Färga gelén med etidiumbromid och visualisera DNA:t under UV-ljus.

5. Vik kromosomen. Streptomyces linjära kromosom kommer att visas som ett enda stort band på gelén. För att vika kromosomen, skär bandet ur gelén och placera det på en bit Parafilm.

6. Vik Parafilmen över kromosomen flera gånger tills den är vikt till en kompakt storlek.

7. Förvara kromosomen. Den vikta kromosomen kan förvaras vid -20°C eller -80°C.

Obs! Var noga med att bära handskar och ögonskydd när du arbetar med etidiumbromid. Etidiumbromid är mutagen och cancerframkallande.