Storleken på mitokondrier kan variera beroende på celltyp och organism, men de varierar vanligtvis från 0,75 till 3 mikrometer i diameter. De är med andra ord väldigt små, ungefär lika stora som en bakterie. Mitokondrier beskrivs ofta som bönformade eller ovala, men de kan också ha andra former, som sfärer eller stavar.