1. Hydrofoba interaktioner :Dessa är icke-kovalenta interaktioner som uppstår från tendensen hos opolära (hydrofoba) molekyler eller regioner av molekyler att aggregera i vattenlösningar för att minimera kontakt med vatten. I proteinets icke-vattenhaltiga inre klungar hydrofoba sidokedjor av aminosyror ihop för att bilda en stabil kärna, exklusive vattenmolekyler.
2. Van der Waals styrkor :Dessa är svaga, icke-kovalenta interaktioner som inkluderar dipol-dipol-interaktioner, inducerade dipol-dipol-interaktioner och London-spridningskrafter. Van der Waals krafter bidrar till den övergripande stabiliteten och kompaktheten av proteinets inre genom att ge ytterligare stabilisering till den hydrofoba kärnan.
3. Vätebindningar :Även om vätebindningar också är vanliga på den vattenhaltiga ytan av proteiner, kan de också bildas i det icke-vattenhaltiga inre. Dessa vätebindningar uppstår mellan polära eller laddade sidokedjor av aminosyror som inte är direkt exponerade för vattenmolekyler.
4. Disulfidbindningar :Disulfidbindningar är kovalenta bindningar som bildas mellan svavelatomerna i cysteinrester. Dessa bindningar är vanligare i det inre av proteiner där cytosolens reducerande miljö är skyddad från den oxiderande extracellulära miljön. Disulfidbindningar bidrar till proteiners strukturella stabilitet och styvhet.
Å andra sidan kännetecknas den vattenhaltiga ytan av ett protein av olika typer av bindningar:
1. Vätebinder med vatten :De polära och laddade sidokedjorna av aminosyror på proteinets yta bildar vätebindningar med vattenmolekyler, vilket bidrar till proteinets hydratisering och löslighet i vattenmiljön.
2. Jonbindningar :Dessa är elektrostatiska interaktioner mellan positivt och negativt laddade grupper på proteinets yta och motsatt laddade joner i den omgivande vattenlösningen. Jonbindningar spelar en avgörande roll för att upprätthålla proteinets totala laddning och interaktioner med andra molekyler.
3. Polära interaktioner :Polära interaktioner såsom dipol-dipol-interaktioner och dipol-inducerade dipol-interaktioner förekommer mellan polära sidokedjor av aminosyror och vattenmolekyler eller andra polära molekyler i vattenmiljön.
