Eukaryoter klassificeras inte som separata från prokaryoter när de bildar kolonier av prokaryoter. Eukaryoter och prokaryoter är två distinkta livsdomäner, kännetecknade av fundamentalt olika cellstrukturer och evolutionära historia. Prokaryoter är encelliga organismer som saknar en membranbunden kärna och andra membranbundna organeller. Däremot inkluderar eukaryoter alla organismer med membranbundna kärnor och organeller, som omfattar ett brett spektrum av organismer från protister till djur, växter och svampar.

När flera prokaryota celler samexisterar i omedelbar närhet eller bildar koloniala arrangemang, bildar de inte eukaryota celler eller utgör eukaryoter. Dessa kolonier eller aggregat av prokaryota celler faller fortfarande under den prokaryota domänen, eftersom de upprätthåller de strukturella och genetiska egenskaperna som är karakteristiska för prokaryoter. Omvänt är eukaryota celler distinkta och distinkta från prokaryota kolonier när det gäller cellulär komplexitet, cellulära komponenter och evolutionärt ursprung.