Det finns ett antal bevis som stöder tanken att Callisto är ett differentierat organ. För det första har Callisto en relativt låg densitet jämfört med andra isiga månar i det yttre solsystemet. Detta tyder på att Callisto innehåller en betydande mängd is, som är mindre tät än sten. För det andra är Callistos yta täckt av ett islager som är upp till 100 kilometer tjockt. Detta islager tros ha bildats som ett resultat av differentieringsprocessen. För det tredje har Callisto ett magnetfält, som genereras av flytande metalls rörelse i månens kärna. Detta tyder på att Callisto har en flytande kärna, vilket är ytterligare en indikation på differentiering.
Differentieringen av Callisto tros ha inträffat kort efter månens bildande. När Callisto värmdes upp på grund av radioaktivt sönderfall och gravitationskompression började de tätare materialen i månen sjunka till mitten, medan de mindre täta materialen steg upp till ytan. Denna process ledde så småningom till bildandet av Callistos distinkta lager.
Differentieringen av Callisto har haft en betydande inverkan på månens utveckling. Islagret på Callistos yta har fungerat som en isolator och förhindrat att månen förlorar för mycket värme. Detta har gjort det möjligt för Callisto att behålla en flytande kärna, som tros vara ansvarig för månens magnetfält. Differentieringen av Callisto har också lett till bildandet av många sprickor och förkastningar i månens yta. Dessa sprickor och förkastningar tros vara resultatet av rörelsen av is och sten under differentieringsprocessen.
Differentieringen av Callisto är en komplex process som fortfarande inte är helt förstådd. Bevisen tyder dock på att Callisto är en differentierad kropp som har genomgått en betydande mängd geologisk aktivitet under sin historia.
