Kemiosmos i kloroplaster drivs främst av translokation av protoner från thylakoid -lumen till stroma . Detta är huvudprocessen som genererar protonmotivkraften som används för att driva ATP -syntes.

Det finns emellertid en annan, mindre betydande, rörelse av protoner som också bidrar till protongradienten:

* från intermembranutrymmet till stroma: Detta händer genom protonläckkanaler i det inre kloroplastmembranet. Denna rörelse är mindre effektiv än den primära över tylakoidmembranet, och dess bidrag till protongradienten är relativt liten.

Det är viktigt att komma ihåg att kemiosmos i kloroplaster främst drivs av protongradienten över tylakoidmembranet . Rörelsen av protoner från intermembranutrymmet till stroma är en sekundär process som bidrar till mindre utsträckning.