Han, tillsammans med Matthias Schleiden, formulerade cellteorin 1839. Denna teori säger att alla levande organismer består av celler och att celler är den grundläggande enheten för struktur och funktion i levande organismer.
Medan Schwann fokuserade på djurceller studerade Schleiden växtceller. Tillsammans revolutionerade deras arbete vår förståelse för biologi.