Flagella är långa, piskliknande bilagor som roterar för att driva bakterierna genom sin miljö. Det finns olika arrangemang av flagella, till exempel:
* monotrichous: En flagellum i ena änden.
* lophotrichous: En tuft av flagella i ena änden.
* amfitrichous: Flagella i båda ändarna.
* peritrichous: Flagella över hela ytan.