1. Evolutionära relationer: Genom att jämföra sekvenserna av gener eller genom kan forskare rekonstruera organismernas evolutionära historia. Detta gör att de kan förstå hur olika arter är relaterade och hur de har utvecklats över tid.

2. genfunktion: Sekvensen för en gen kan ge ledtrådar om dess funktion. Till exempel kan forskare identifiera konserverade regioner inom en gen som är viktig för dess aktivitet. De kan också använda sekvensdata för att förutsäga proteinet som en gen kodar och dess potentiella roll i cellen.

3. Individuell variation: Nukleotidsekvenser kan variera mellan individer, vilket leder till genetiska skillnader. Forskare kan använda denna variation för att identifiera genetiska markörer, diagnostisera sjukdomar och anpassa medicin. Till exempel kan mutationer i specifika gener associeras med vissa sjukdomar, och genetisk testning kan användas för att förutsäga en individs risk att utveckla dessa sjukdomar.