Encelliga organismer, som bakterier och amoeba, reproducerar asexuellt, främst genom en process som kallas binär fission. Detta innebär att de delade upp i två identiska kopior av sig själva. Därför är i de flesta fall en enkelcellig organisme genetiskt identisk med dess förälder .

Det finns emellertid några sätt på vilka skillnader kan uppstå:

* mutationer: Även om sällsynta kan mutationer uppstå under DNA -replikering. Dessa förändringar i DNA -sekvensen kan leda till skillnader mellan förälder och avkommor.

* Miljöfaktorer: Vissa encelliga organismer kan anpassa sig till sin miljö genom förändringar i genuttryck. Detta innebär att de kan förändra hur deras gener används, vilket leder till funktionella skillnader från deras förälder. Dessa ändringar ärftas inte utan förekommer inom individens livstid.

* horisontell genöverföring: Denna process, vanlig i bakterier, involverar överföring av genetiskt material direkt från en organisme till ett annat, inte bara genom förälder till avkommor. Detta kan introducera nya gener och egenskaper i det avkommor som föräldern inte hade.

Sammantaget är skillnader mellan encelliga organismer och deras föräldrar relativt sällsynta och uppstår ofta genom slumpmässiga mutationer eller miljöpåverkan. Även om dessa skillnader kan vara betydande, är de i allmänhet inte lika uttalade som skillnaderna som ses hos avkommor som produceras genom sexuell reproduktion i multicellulära organismer.