Det är emellertid viktigt att notera att klassificeringen av livet i fem kungarike (Monera, Protista, Fungi, Plantae och Animalia) är ett äldre system. Moderna klassificeringssystem, som tresidensystemet, har till stor del ersatt det.
I systemet med tre domäner är prokaryoter uppdelade i två domäner:
* bakterier
* archaea
Medan båda är prokaryota, har de betydande skillnader i sin genetik, biokemi och evolutionär historia.
