1. Molekylära tekniker:
* Direkt sekvensering: DNA kan extraheras direkt från miljöprover (jord, vatten, etc.) och sekvenseras. Detta gör det möjligt för forskare att identifiera de närvarande arterna, även om de inte kan odlas i ett labb.
* PCR (polymeraskedjereaktion): Specifika DNA -sekvenser kan amplifieras från miljöprover med användning av PCR, vilket möjliggör detektering och identifiering av specifika bakterier.
* metagenomics: Hela genetiska materialet (DNA) från ett miljöprov sekvenseras, vilket möjliggör identifiering av alla närvarande bakteriearter, inklusive de som är odlade.
* metatranscriptomics: Denna teknik analyserar RNA som finns i ett miljöprov och ger information om generna som aktivt uttrycks av bakterierna och erbjuder insikter i deras funktioner och interaktioner.
2. Mikroskopiska tekniker:
* fluorescens in situ hybridisering (fisk): Fluorescerande sonder som binder till specifika DNA -sekvenser används för att visualisera bakterier i deras naturliga miljö. Denna teknik gör det möjligt för forskare att identifiera och kvantifiera specifika bakterier utan att behöva odla dem.
* elektronmikroskopi (EM): EM ger bilder med hög upplösning av bakterier och avslöjar deras morfologi och strukturella egenskaper. Även om EM inte direkt identifierar arter, kan det hjälpa till att klassificera bakterier baserat på deras utseende.
3. Funktionella analyser:
* isotopmärkning: Stabila isotoper (som 13C eller 15N) används för att spåra metabolismen av bakterier inom ett miljöprov. Detta gör det möjligt för forskare att studera bakteriernas funktionella roller i ekosystemet, även om de inte kan odlas.
4. Anrikningskulturer:
* simulering av specifika miljöer: Miljöförhållanden simuleras i labbet för att gynna tillväxten av specifika bakterier. Denna metod involverar inte full kultur men kan berika befolkningen i vissa bakterier, vilket gör deras studie enklare.
5. Samkulturtekniker:
* växer med andra organismer: Vissa bakterier kräver att närvaron av andra organismer växer. Genom att samordna med kända arter kan forskare ibland framgångsrikt odla tidigare odlingsbakterier.
Det är viktigt att notera att dessa metoder var och en har sina styrkor och begränsningar. Ofta används en kombination av tillvägagångssätt för att få en mer omfattande förståelse av de bakterier som finns i en viss miljö.
