* Brist på en kärna: Prokaryota celler har inte en membranbunden kärna för att hysa deras genetiska material (DNA). Istället är deras DNA beläget i en region som kallas nukleoiden, som inte är innesluten av ett membran.

* Inga membranbundna organeller: Prokaryota celler saknar andra membranbundna organeller som mitokondrier, Golgi-apparat, endoplasmatisk retikulum, lysosomer, etc. Dessa organeller är ansvariga för specifika funktioner i eukaryota celler.

* Mindre storlek: Prokaryota celler är i allmänhet mycket mindre än eukaryota celler.

* enkel struktur: Den övergripande strukturen för prokaryota celler är enklare jämfört med eukaryota celler.

Däremot har eukaryota celler en kärna och membranbundna organeller, vilket gör dem mycket mer komplexa.