* efter volym: virus anses i allmänhet vara de minsta mikroorganismerna, varav vissa är så små som 20 nanometer i diameter. Virus är emellertid inte tekniskt levande organismer.
* med diameter: mycoplasma är en släkt av bakterier som är bland de minsta frittlevande organismerna, med vissa arter som endast mäter 0,1 mikrometer i diameter.
* efter genomstorlek: nanoarchaeum equitans är en typ av arkeon med det minsta kända genomet, som endast innehåller 490 885 baspar.
I slutändan beror den "minsta" mikroorganismen på dina kriterier.
