Comstock Images/Comstock/Getty Images
I diploida organismer bär varje kromosom parade loci som kan existera i olika former som kallas alleler. När en organism bär identiska alleler på ett lokus visar den en ren eller homozygot egenskap. Omvänt, när de två allelerna skiljer sig åt, uppvisar organismen en hybrid eller heterozygot egenskap.
Alleler kategoriseras som dominanta eller recessiva. En dominant allel kommer att manifestera sig i organismens observerbara egenskaper (fenotyp) oavsett om den är parad med en annan dominant eller en recessiv allel. En recessiv allel visar endast sin effekt när den paras ihop med en annan recessiv allel. Till exempel är allelen för vit ögonfärg recessiv; en person kommer att ha vita ögon endast om båda allelerna är recessiva.
En ren egenskap, eller homozygot tillstånd, involverar två identiska alleler – antingen två dominanta eller två recessiva. En hybrid egenskap, eller heterozygot tillstånd, består av en dominant och en recessiv allel. Eftersom den dominanta allelen dikterar fenotypen, kommer en heterozygot organism att visa samma observerbara egenskap som en homozygot dominant.
Genotypen hänvisar till den genetiska sammansättningen (den specifika kombinationen av alleler) medan fenotypen är det yttre uttrycket av den genotypen. Att förstå distinktionen hjälper till att klargöra varför vissa egenskaper förekommer i en population även om de är recessiva.
Under sexuell reproduktion bidrar varje förälder med en allel från varje par till sin avkomma. En förälder med ren egenskap kommer alltid att passera samma allel, medan en förälder med hybriddrag kan passera antingen den dominanta eller recessiva allelen. Detta sortiment kan resultera i avkommor vars fenotyper skiljer sig från föräldrarnas, till exempel två heterozygota föräldrar som producerar ett homozygott recessivt barn.
För att visualisera sannolikheterna för avkommans genotyper använder genetiker en Punnett-ruta. Ordna en förälders alleler längst upp och den andra längs sidan. Använd en stor bokstav för en dominant allel och en liten bokstav för en recessiv allel. Till exempel, korsning av två heterozygota individer (Pp × Pp) ger följande 2×2 rutnät:
P p
P PP Pp
p Pp pp
Denna korsning producerar en homozygot dominant (PP), två heterozygot (Pp) och en homozygot recessiv (pp) genotyp, vilket illustrerar det klassiska förhållandet 1:2:1. 
