Abstrakt:
Den pågående covid-19-pandemin orsakad av SARS-CoV-2-viruset har skapat ett akut behov av effektiva terapeutiska insatser. Pradimicin A, en naturlig produkt isolerad från Streptomyces, har visat lovande antiviral aktivitet mot olika höljeförsedda virus, inklusive SARS-CoV-2, genom att rikta in sig på den virala N-glykanen. De molekylära detaljerna om hur pradimicin A interagerar med N-glykanen och hämmar virusintrång förblir dock oklara. Vi utförde molekylär dockning, simuleringar av molekylär dynamik och ytplasmonresonans (SPR) experiment för att undersöka den molekylära grunden för pradimicin A-bindning till SARS-CoV-2 N-glykan. Våra resultat tyder på att pradimicin A bildar stabila komplex med N-glykanen genom vätebindning, elektrostatiska interaktioner och hydrofoba kontakter. I synnerhet spelar 2,6-diaminoglukos- och 3,4,6-trihydroxifenyldelarna av pradimicin A avgörande roller för att binda till N-glykanen. Dessutom bekräftade SPR-experiment den direkta interaktionen mellan pradimicin A och N-glykanen. Sammantaget ger vår studie insikter i de molekylära mekanismerna bakom pradimicin A:s antivirala aktivitet och belyser dess potential som en ledande förening för utvecklingen av nya SARS-CoV-2-inträdeshämmare.
