En sak som formen på en molekyl kan påverka är dess polaritet. Polaritet hänvisar till fördelningen av elektrisk laddning inom en molekyl. En molekyl är polär om den har en positiv ände och en negativ ände. Formen på en molekyl kan avgöra om den är polär eller inte. Till exempel är en linjär molekyl, såsom koldioxid, opolär eftersom de positiva och negativa laddningarna är jämnt fördelade i hela molekylen. En böjd molekyl, som vatten, är dock polär eftersom syreatomen är mer elektronegativ än väteatomerna, vilket gör att molekylen har en positiv ände och en negativ ände.