Däremot är polära molekyler molekyler som har en elektrisk nettoladdning. Vattenmolekylerna är till exempel polära molekyler eftersom de är sammansatta av syre- och väteatomer, som har olika elektronegativitet. Som ett resultat har vattenmolekylerna en positiv ände och en negativ ände. Detta innebär att vattenmolekylerna attraheras av varandra och inte kommer att lösas upp i opolära molekyler som fetter och kloroform.