Protoner: 42

Neutroner: 56

Elektroner: 42

Varje molybdenatom har 42 protoner i sin kärna, vilket ger den en positiv laddning på +42. För att upprätthålla elektrisk neutralitet har en neutral molybdenatom också 42 elektroner som kretsar kring sin kärna. Antalet neutroner kan variera, vilket ger upphov till olika isotoper av molybden. Den vanligaste isotopen är molybden-98 (Mo-98), som har 56 neutroner.