En atoms massa är organiserad i två regioner:kärnan och elektronmolnet. Kärnan, som ligger i atomens centrum, innehåller det mesta av atomens massa och består av protoner och neutroner. Protoner har en positiv elektrisk laddning, medan neutroner inte har någon laddning. Elektroner, som har en negativ elektrisk laddning, kretsar kring kärnan i elektronmolnet.

En atoms massa beror främst på protonerna och neutronerna i kärnan. Protoner och neutroner är båda baryoner, som är subatomära partiklar som utgör materia. Varje proton har en massa på ungefär 1 atommassaenhet (amu), och varje neutron har en massa på ungefär 1 amu. Elektroner, å andra sidan, har en mycket mindre massa, med varje elektron som bara bidrar med cirka 1/1836 amu till den totala massan av en atom.

Den totala massan av en atom kan beräknas genom att lägga till massorna av alla dess protoner och neutroner. Till exempel är massan av en kol-12-atom ungefär 12 amu eftersom den har sex protoner och sex neutroner.

Arrangemanget av protoner, neutroner och elektroner inom en atom bestämmer atomens egenskaper och beteende. Antalet protoner i kärnan definierar grundämnet, medan antalet elektroner i elektronmolnet bestämmer atomens kemiska reaktioner och interaktioner med andra atomer.