H2O har en mycket högre kokpunkt än H2Se på grund av skillnaden i deras intermolekylära krafter. H2O-molekyler hålls samman av vätebindning, vilket är en stark intermolekylär kraft. Vätebindning uppstår när en väteatom i en molekyl är bunden till en mycket elektronegativ atom, såsom syre eller kväve. Den elektronegativa atomen drar väteatomens elektronmoln mot sig själv, vilket skapar en partiell positiv laddning på väteatomen. Denna partiella positiva laddning drar sedan till sig den partiella negativa laddningen på en annan elektronegativ atom och bildar en vätebindning.
H2Se-molekyler, å andra sidan, hålls samman av van der Waals-krafter, som är mycket svagare intermolekylära krafter. Van der Waals-krafter uppstår när elektronmolnen i två molekyler tillfälligt överlappar varandra och skapar en tillfällig dipol. Dessa dipoler attraherar sedan varandra och bildar en van der Waals-kraft.
Eftersom vätebindning är en mycket starkare intermolekylär kraft än van der Waals krafter, hålls H2O-molekyler samman mycket tätare än H2Se-molekyler. Det betyder att det krävs mer energi för att bryta de intermolekylära krafterna mellan H2O-molekylerna och få dem att koka. Därför är kokpunkten för H2O mycket högre än kokpunkten för H2Se.
Förutom vätebindning kan skillnaden i kokpunkter för H2O och H2Se också hänföras till skillnaden i deras molekylära massor. H2O har en molekylvikt på 18 g/mol, medan H2Se har en molekylmassa på 80 g/mol. Ju tyngre molekylen är, desto mer energi tar det för att bryta de intermolekylära krafterna mellan dess molekyler och få den att koka. Därför har den tyngre H2Se-molekylen en högre kokpunkt än den lättare H2O-molekylen.