U.S. Geological Survey-studien säger att de mindre, mer frekventa isbergen kan bli ett hot mot broar och samhällen och kan också skada utrustning och undervattenskablar.
Studien uppskattar att antalet isberg i Glacier Bay, som öppnar sig mot Alaskabukten, kan öka med 40 procent år 2100.
Även om storleken på isbergen sannolikt kommer att minska - eftersom de kommer att ha brutit av tidigare - kommer det att finnas fler av dem, enligt rapporten.
"I framtiden kommer alla isbergen att vara mindre, men det kommer att finnas dubbelt så många av dem", säger Erin Pettit, studiens huvudförfattare.
Antalet isberg i Icy Bay förväntas öka med cirka 20 % i slutet av århundradet.
Den förväntade ökningen beror på stigande havstemperaturer, vilket gör att glaciärer drar sig tillbaka. När en glaciär drar sig tillbaka blir den tunnare, och isen blir mer sprucken.
Detta gör det mer sannolikt att glaciären kalvar av isberg.
Ökningen av isberg i Glacier Bay och Icy Bay kan ha en betydande inverkan på fartygstrafiken i regionen.
Hamnen i Juneau ligger vid mynningen av Gastineau Channel, som ligger cirka 16 mil från Glacier Bay.
Hamnen är ett viktigt nav för kryssningsfartyg och kommersiella fiskefartyg.
Ökningen av isberg kan också utgöra ett hot mot oljetankfartyg som reser till och från Valdez-terminalen.
Valdez-terminalen ligger cirka 150 miles från Glacier Bay.
Risken för olyckor, oljeutsläpp och andra miljökatastrofer kan öka när fler isberg kommer in på dessa sjöfartsrutter och vattenvägar, säger forskarna.
"Många av fartygen som passerar det området och går till Valdez kommer att utsättas för högre isbergsfrekvens och fler faror. Det är något vi måste börja undersöka nu, så vi kan börja planera och ta itu med de potentiella effekterna”, sa Pettit.
Enligt studien kommer storleken på isbergen i Glacier Bay-området sannolikt att minska från i genomsnitt 4 till 6 kilometer långa till i genomsnitt 1 till 2 kilometer långa.
Detta beror på att ett värmande klimat får glaciärer att smälta i en accelererad hastighet.
Forskarna fann också att några av de glaciärer som för närvarande producerar isberg kan sluta göra det år 2100.
Men andra glaciärer kan börja producera isberg i slutet av seklet, eftersom de drar sig tillbaka och blir tunnare.
Den potentiella ökningen av mindre isberg i Alaskas vattenvägar skulle ha konsekvenser utöver sjöfartsindustrin, sade studien.
Förändringarna kan påverka turism och fiske och kan orsaka skador på infrastruktur som broar, fiskkläckningsanläggningar och undervattensledningar.
"Du kan inte bara sätta upp en stoppskylt för ett isberg," sa Pettit.
Forskarna sa att ökningen av mindre, mer frekventa isberg är en komplex utmaning som kommer att kräva ett samarbete från forskare, statliga myndigheter och industrin för att mildra de potentiella riskerna och effekterna.
