San Joaquin -floden har sitt ursprung i Sierra Nevada -bergen och flödar västerut genom Central Valley of California. Den tömmer sig in i Sacramento-floden nära staden Stockton och flyter sedan genom Sacramento-San Joaquin River Delta innan han når San Francisco Bay.
Medan San Joaquin River's Water så småningom når San Francisco Bay, flödar floden själv inte direkt genom staden San Francisco.
