Stromatoliter bildas av fångst-, bindning och cementering av sedimentkorn med mikrobiella mattor, främst cyanobakterier. Dessa mattor växer i grunt, varma, saltvattenvatten och producerar ett klibbigt skikt av slem som fångar sediment. Med tiden bygger dessa lager upp och bildar de distinkta skiktade strukturerna som är karakteristiska för stromatoliter.