En av de största utmaningarna vid återställande av livsmiljöer är att ta bort icke-inhemska växter utan att skada inhemska växter. Icke-inhemska växter kan vara mycket aggressiva och kan snabbt konkurrera ut inhemska växter om resurser, såsom vatten och solljus. Detta kan leda till en minskning av den inhemska växtpopulationen och en förskjutning i det övergripande växtsamhället.
Dessutom kan avlägsnandet av icke-inhemska växter också störa jorden, vilket kan göra den mer mottaglig för erosion. Detta kan leda till ytterligare skador på ekosystemet, samt förlust av värdefull matjord.
En annan oro är att restaureringsprojekt ibland kan introducera nya främmande växter i ekosystemet. Detta kan hända när de växter som används i restaureringsprojekt inte är hemmahörande i området, eller när de inte är ordentligt övervakade och kontrollerade. Introduktionen av nya icke-inhemska växter kan ha en förödande inverkan på det inhemska växtsamhället, eftersom de snabbt kan sprida och konkurrera ut inhemska växter om resurser.
Sammantaget är det viktigt att väga de potentiella fördelarna med restaurering av livsmiljöer mot de potentiella riskerna. Även om restaureringsprojekt kan vara mycket fördelaktiga för miljön, är det viktigt att vidta åtgärder för att minimera de potentiella negativa effekterna på inhemska växter.