1. Svårt att kontrollera och manipulera: Kosmiska strålar förekommer naturligt, och deras egenskaper som energi och resefrihet kontrolleras inte lätt. Detta gör det utmanande att använda dem för specifika applikationer, till skillnad från konstgjorda strålningskällor som kan manipuleras.
2. Potentiella hälsorisker: Kosmiska strålar med hög energi kan interagera med materien, inklusive levande vävnad, och potentiellt orsaka skador. Medan intensiteten hos kosmiska strålar i allmänhet är låg, kan långvarig exponering, särskilt i höga höjder eller i rymden, öka risken för strålningssjuka och cancer.